ОЛ образовался после разногласия между секциями регби и футбола мультиспортивного клуба Лион "Олимпик", существующего с 1899 г. Футбольная секция образовалась из оставшейся части клуба и выбрала себе новое название: Лионский "Олимпик".
Вот почему сторонники ОЛ утверждают, что их клуб был основан в 1899.

До 1966, клубу сопутствовала удача; после того как в 1908 и 1909 году их затмил Лион, они выиграли Чемпионат Франции в 1910. К 1920, они переехали на стадион Жерлан, спроектированный и построенный за семилетний период местным архитектором Тони Гарниер.

Названный позднее Университетом Лион "Олимпик", клуб вновь объединился в профессиональные классы в 1942, и выиграл во время войны в финале Чемпионата, опередив футболистов из Бордо на 2 очка. В финале национального турнира команда была буквально
вымотана игрой против Руина, завершив поединок с триумфом 4-0. Приумноженный успех вознес команду до места в 1 дивизионе в начале 1945/6 сезона, но возглавляемые Феликсом Лютом клуб скатившись вернулся во 2 дивизион к 1946г. Лишь спустя 10 лет ожиданий клуб выиграл 2 Лигу ;их первый значимый трофей, в 1951. Однако, вскоре Лион вновь перевели в низший разряд, после того как он провел сезон в 1 Лиге. В 1954 году Жульеном Даруи состав команды был обновлен и переформирован, Лион во 2 раз смог повысить свою планку за последние 4 года.

Лион одерживал победу за победой в 60-е и 70-е годы они выиграли три кубка Франции, и трофей(титул) Чемпионов; надо отметить, что за этот знаменательный период место главного тренера Лиона успело смениться 5 раз. И все-таки, претерпев длительный период застоя,
к 1983 году клуб сдал свои позиции. Команда показывала игру явно не ее уровня, тем самым лишалась ранее завоеванных трофеев.

Жан-Мишель Олас - Стремление к европейскому уровню
ЖМО взял контроль над клубом в 1987 г., внес в него вклад с целью поднять престиж команды, повысить его квалификацию и укрепить свои позиции, обосновавшись в 1 Лиге, в течение 15 лет. Под началом двух тренеров Дени Папа и Марселя ле Борна клуб вновь достиг вершин,
но к концу сезона они расстались с командой.
Раймонд Доминик, родом из Лиона, был назначен их преемником, привел команду в 1 Лигу, после матча с Алес, сыгранного в ничью со счетом 0-0. Лион удостоился титула Чемпионов 2 Лиги в 3 раз.

Первый лучший сезон под руководством Раймонда Доминика "Олимпик" Лион завершил восьмым в Лиге, избежав перевода в низшую категорию. Во втором сезоне Доминик обеспечил команде пятое место, что давало право на участие в Кубке UEFA. Европейской квалификации они достигли спустя 2 года (4 года с момента перехода конроля над клубом Алесу).
Дминик решил уйти по окончании сезона 1992/93 1-ой Лиги, после того, как его выбрали новым тренером French U21. Т.о. первый выбор Алеса выпал на бывшего француза, Жана Тигана, который стоит в ряду с такими звездами мирового футбола как Мищель Платини, Луиз Фернандез и Ален Гриссе.

Тигана решил расширить Лион, дабы полностью соответствовать названию соперников, а также выставить новых игроков, таких как (Абеди Пеле. Тем не менее, под давлением французских СМИ Тигана покинул клуб в 1995 г.
В 1995 году вслед за уходом Тигана команду возглавил Стефан и тем самым помог Лиону обеспечить место на Европейской арене, еще раз через участие в кубке Интертото.

В начале нового сезона Стефан отказывается от занимаемой должности и его место незамедлительно занимает Бернард Лякомб. ОЛ было предоставлено место в Кубке Уефа и уже вылетел в 3-ем раунде, проиграв "Интер Милану". Которые в последствии и стали победителями турнира.

В дальнейшем позиции клуба в лиге росли в 1998 году клуб занял шестое место в чемпионате и третье в 1999 - 2000 годах. В 2001 году "Лион" занял второе место, затем с 2002 по 2007 год становился чемпионом, тем самым вошедший в футбольную историю Франции, выиграв шесть чемпионатов подряд.

На Европейской арене выше четвреть-финала в Лиге чемпионов, клубу подняться не удавалось.